Βάσει του καταστατικού ιδρύσεώς του Ινστιτούτο Έρευνας και Μελέτης Θουκυδίδης διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο η Θητεία του οποίου είναι για πέντε (5) έτη και απαρτίζεται από τον Πρόεδρο , τον Αντιπρόεδρο , τον Γενικό Γραμματέα , τον Ταμία και τρία τακτικά μέλη 
Η σύνθεση του Διοικητικού Συμβουλίου για την περίοδο 2023-2025 είναι οι εξής :
1. κ. Δημήτριος Τραπεζιώτης , Πρόεδρος
2. κ. Κωνσταντίνος Ψιλόπουλος , Αντιπρόεδρος 
3. κα. Στυλιανή Βαρελλάτου Γενική Γραμματέας  
4. κ. Ιωάννης Ψαρόπουλος Ταμίας
5. κα Μαρίνα Καραβασίλη, τακτικό μέλος
6. κ. Ιωάννης Παναγιωτακόπουλος, τακτικό μέλος
7. κ. Ανδρέας Βαρτελάτος, τακτικό μέλος