Βάσει του καταστατικού ιδρύσεώς του το Ινστιτούτο Έρευνας και Μελέτης Θουκυδίδης διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ.). Το Δ.Σ. απαρτίζεται από τον Πρόεδρο, Αντιπρόεδρο, Γενικό Γραμματέα , Ταμία και τρία μέλη. Η θητεία των μελών του Δ.Σ. είναι πενταετής.
Μετά τις Αρχαιρεσίες μεταξύ τον μελών του συλλόγου που έλαβε χώρα στις 02-02-2020 και μετά την την από την συνεδρίαση των μελών του Δ.Σ. στις 25-02-2020 όπου το Δ.Σ. συγκροτήθηκε σε σώμα για την περίοδο 2020 - 2025 το Διοικητικό Συμβούλιο του Ινστιτούτου Έρευνας και Μελέτης Θουκυδίδης έχει ως εξής:
κ. Δημήτριος Τραπεζιώτης , Πρόεδρος
κ. Ευάγγελος Ασπρογέρακας , Αντιπρόεδρος
κα. Στυλιανή Βαρτελάτου Γενικός Γραμματέας
κ. Ιωάννης Ψαρόπουλος, Ταμίας
κ. Κων/νος Ψιλόπουλος μέλος (Υπεύθυνος Κοινωνικών Δράσεων)
κ. Θεόδωρος Παντούλας, μέλος
κ. Ιωάννης Παναγιωτακόπουλος, μέλος