Βάσει του καταστατικού ιδρύσεώς του Ινστιτούτο Έρευνας και Μελέτης Θουκυδίδης διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο η Θητεία του οποίου είναι για πέντε (5) έτη και απαρτίζεται από τον Πρόεδρο , τον Αντιπρόεδρο , τον Γενικό Γραμματέα , τον Ταμία και τρία τακτικά μέλη 
Η σύνθεση του Διοικητικού Συμβουλίου για την περίοδο 2023-2025 είναι οι εξής :
1. κ. Δημήτριος Τραπεζιώτης , Πρόεδρος
2. κ. Κωνσταντίνος Ψιλόπουλος , Αντιπρόεδρος (έως 30-09-2023)* 
3. κα. Στυλιανή Βαρελλάτου Γενική Γραμματέας  
4. κ. Ιωάννης Ψαρόπουλος Ταμίας
5. κα Μαρίνα Καραβασίλη, τακτικό μέλος
6. κ. Ιωάννης Παναγιωτακόπουλος, τακτικό μέλος
7. κ. Ανδρέας Βαρτελάτος, τακτικό μέλος
* Δεδομένο ότι βάσει του Καταστατικού τους μήνες Ιούλιος και Αύγουστος το Διοικητικό Συμβούλιο αναστέλλει τις λειτουργίες του με απόφαση του Προέδρου του Διοικητικού Συμβουλίου μέχρι της 30/09/2023 καθήκοντα Αντιπροέδρου του Διοικητικού Συμβουλίου του Ινστιτούτου Έρευνας και Μελέτης Θουκυδίδης  αναλαμβάνει το τακτικό μέλος του του Διοικητικού Συμβουλίου του Συλλόγου κ. Κωνσταντίνος Ψιλόπουλος. Στην πρώτη  συνεδρίαση του Διοικητικού Συμβουλίου θα ακολουθήσει εκλογή του Νέου Αντιπροέδρου του Ινστιτούτου